广州医科大学于1962年开始蛇毒药理研究，其中4种毒蛇（银环蛇、眼镜蛇、金环蛇和蝰蛇）的抗蛇毒血清研制成功填补了国内空白，成为治疗毒蛇咬伤的特效药，1978年获全国科学大会一等奖。2004年开办药学本科教育，2009成为广州市高校特色专业，2015年获省高校专业综合改革试点，2016年获批广东省高校改革试点学院，“药学卓越班”开班。1984年和2011年分别获批药理学硕士、临床药理学博士二级学位点（依托临床医学一级博士点设立），2014和2017年分获药学一级学科专业型和学术型硕士授权点，构建了本科-硕士-博士连贯完整的人才培养体系。2016年与中国工程院医药卫生学部合作创办表观遗传与生物医药研发国际会议，2018年获批建设中国药理学会表观遗传药理学专业委员会。2019年9月药学院荣获广州市教育先进集体，10月药学专业顺利通过国家教育部药学专业认证（成为国家新版药学认证标准的首批四个高校之一），12月药学专业率先获批国家一流本科专业。2020年11月临床药学专业获批省级一流本科专业,药理学获得国家一流金课。

药学院拥有1个国家部级重点实验室（国家药监局胸腔疾病药物临床研究与评价重点实验室），3个省级创新团队，1个国家重点实验室药理学组，1个国家药监局重点实验室，1个省级重点实验室、1个省高校重点实验室、2个广州市重点实验室、1个省工程技术研究中心，创建了国家大学科技园澳源园区和广州医大新药创制有限公司（广东EpiPharm生物医药研究院）。

2017年药学专业（一级学科）获批广东省重点建设学科——优势重点学科；2018年获批广东省“冲一流”提升计划重点建设学科；2018年“软科世界一流学科（药学）排名”进入全球前500位；2019年药理与毒理学学科进入ESI学科全球前1％；2020年软科“世界一流学科（药学）排名”再次提升，进入全球前400位、全国第37位（37/426，前10%）、全省第4名（中山大学、暨南大学、南方医科大学、广州医科大学）；2021年软科“世界一流学科（药学）排名”中首次跻身全球前150名内，跃居国内第6名，较之上一年度上升31个位次。

药学院以表观遗传药物研发为特色，确立教学、科研、转化“三位一体”的创新模式。在表观遗传药物研发方面取得了显著成绩：创建了我国表观遗传药物研究领域的第一个国家级学会——中国药理学会表观遗传药理学专业委员会，成为主任委员依托单位，2016年至今共举办了五届表观遗传与生物医药研发国际学术会议；2019年出版了国内第一本该领域的学术专著《表观遗传药理学》并获广东省研究生教育优秀教学成果奖，随后出版《新编药剂学理论与临床》亦成为研究生规划教材；获批了国内第一个人工外泌体（表观遗传药物载体）的国家发明专利和PCT国际专利；完成了国家自然科学基金的全国第一个外泌体医学研究重点项目并获优秀“A”级的结题好评（2019）；获得了有关表观遗传调控的第一个广东省药理学科技成果一等奖（2020）；在抗击新冠肺炎的重大战役中，老校长、共和国勋章获得者钟南山院士带领广州医科大学团队研发了系列新冠疫苗和防治药物，推动药学学科迈上新台阶。此外，药学学科带头人余细勇教授坚持为澳门科技大学药学院的本科生（150人）和博士生（60人）分别讲授《表观遗传药理学》、《干细胞生物治疗的表观遗传学调控》课程，为中山大学心血管专业研究生（200人）讲授《干细胞修复心肌损伤的调控研究》课程，大大提升了教书育人的档次。药学学科在细胞表观重编程技术、智能纳米药物传递技术、甲基化修饰调控策略、肿瘤心脏病表观遗传药物研发等方面不断取得新的突破。曾经蛇毒药物研究蜚声中外，如今表观遗传药理引领潮流！

药学院现有硕士研究生招生人数80-90人/年，博士研究生招生人数10人/年。学校统一规划学科建设，明文规定9所附属医院药学部的学科与学位点建设由药学院统领，因此临床药学特色明显，特别是智慧临床药学发展快速。药学院现有硕士生导师71人，博士生导师42人，其中包括国务院特贴专家3人、国家级学会主委2人、国家优秀教师1人、中国科协青年托举人才2人、省优青5人、省杰青2人、珠江学者4人，“黄大年式”教师团队1个，导师队伍实力雄厚。