广州医科大学生物药学系包括药理学教研室和药物分子生物学教研室。其中药理学教研室及教学团队组建于1958年，1984年药理学学科被批准为硕士点，是广州医科大学首批获得硕士点的两个学科之一。2003年被评为第七轮广东省重点扶持学科和广州市重点学科。2006年与心血管研究所合作建立广州心血管疾病研究重点实验室。2007年招收博士研究生，2011年临床药理学成为广州医科大学自主设立的博士点。2013年被评为第九轮广东省特色重点学科。2015年被评为药理学省级教学团队并于2018年顺利通过验收，课程曾被评为广州市精品课程与双语教学示范课程，药理学团队为校级高水平大学创新团队、省级药理学教学团队。药物分子生物学教研室是2023年新成立的教研室，主要承担生物技术制药、微生物药物学等课程的教学，也肩负起未来药学院生物制药方向的建设任务。

生物药学系目前拥有教师17人，实验技术人员1人。高级职称教师13人，博士学位17人，具有一年以上海外留学经历者9人。博士生导师4人，硕士生导师10人，国务院特殊津贴专家1人，广东省高校千百十工程培养对象3人，广东省高校优秀青年教师培养对象3人，广州市高层次人才-青年后备人才、广州医科大学南山学者后备人才、广州医科大学高水平大学学术骨干培育对象1人。

自2020年以来，药理学课程荣获首批国家级一流本科课程（线下）、广东省一流课程和广东省课程思政示范课程。在清华大学“学堂在线”平台完成药理学（中英版）国际课程建设。主要主编教材包含《药理学》、《药理学》（案例版）、《临床药理学》（案例版）、《药理学》双语教材、《药理学学习指导》、《机能实验学》和《医学机能实验学》等7部。

近5年来共主持国家自然科学基金面上项目和青年项目共13余项，广东省市级科研项目29项等，总经费超300万元，在中科院一区等高水平期刊发表学术论文30余篇；团队教师指导学院本科生获批国家级大学生创新创业训练计划立项、第十一届“全国大学生药苑论坛”创新成果二等奖及优秀论文奖、第五届“挑战杯”广东省大学生课外学术科技作品竞赛中荣获二等奖、第七届全国大学生基础医学创新研究暨实验设计论坛决赛金奖，以及获批广东省大学生科技创新培育项目（攀登计划）等。

自2020年以来，生物药学系教师荣获全国“高等医药院校课程思政案例竞赛”一等奖、首届全国高校教师教学创新大赛广东分赛暨广东省高校教师教学创新大赛二等奖、广东省首届本科高校课程思政教学大赛二等奖、学院和学校中文授课竞赛一等奖和二等奖各1项、校级英文授课竞赛二等奖等各2项；教育部科技进步奖一等奖1项，广东省教育教学成果奖2项，广州市教学成果奖 二等奖2项，在《中国高等医学教育》等杂志发表教学论文10余篇，省级教改项目3项，校级教改项目3项，校级教学成果二等奖1项等。